| 11-Nov-06 MX Apertura 2006 - M.17 | Grupos | Querétaro | 1-1 | Atlas | | |
| 29-Apr-07 MX Clausura 2007 - M.17 | Grupos | Atlas | 2-0 | Querétaro | | |
| 17-Oct-09 MX Apertura 2009 - M.12 | Grupos | Atlas | 0-1 | Querétaro | | Medina Vázquez |
| 27-Mar-10 MX Clausura 2010 - M.12 | Grupos | Querétaro | 2-1 | Atlas | | Morales, M |
| 31-Jul-10 MX Apertura 2010 - M.2 | Grupos | Querétaro | 2-1 | Atlas | | Escobar Barba |
| 15-Jan-11 MX Clausura 2011 - M.2 | Grupos | Atlas | 2-1 | Querétaro | | Herrera Garduño |
| 03-Aug-11 MX Apertura 2011 - M.3 | Grupos | Atlas | 3-0 | Querétaro | | Ortega Rojas |
| 21-Jan-12 MX Clausura 2012 - M.3 | Grupos | Querétaro | 2-1 | Atlas | | Ortega Rojas |
| 15-Sep-12 MX Apertura 2012 - M.8 | Fase Regular | Atlas | 0-0 | Querétaro | | Arellano Nieves |
| 23-Feb-13 MX Clausura 2013 - M.8 | Fase Regular | Querétaro | 0-0 | Atlas | | Rodríguez Moreno |
| 26-Oct-13 MX Apertura 2013 - M.15 | Fase Regular | Atlas | 3-1 | Querétaro | | Guerrero Ramírez |
| 11-Apr-14 MX Clausura 2014 - M.15 | Fase Regular | Querétaro | 1-0 | Atlas | | Santander Aguirre |
| 30-Sep-14 MX Apertura 2014 - M.11 | Fase Regular | Atlas | 2-1 | Querétaro | | Ramirez Ulloa |
| 20-Mar-15 MX Clausura 2015 - M.11 | Fase Regular | Querétaro | 2-0 | Atlas | | Rojas Castillo |
| 25-Jul-15 MX Apertura 2015 - M.1 | Fase Regular | Atlas | 0-2 | Querétaro | | Galván Basulto |
| 08-Jan-16 MX Clausura 2016 - M.1 | Fase Regular | Querétaro | 1-3 | Atlas | | Ortíz Nava |
| 15-Oct-16 MX Apertura 2016 - M.13 | Fase Regular | Atlas | 2-1 | Querétaro | | Ramos, Cesar |
| 08-Apr-17 MX Clausura 2017 - M.13 | Fase Regular | Querétaro | 1-4 | Atlas | | Barajas Anzures |
| 28-Oct-17 MX Apertura 2017 - M.15 | Fase Regular | Querétaro | 2-2 | Atlas | | Macias Romo |
| 13-Apr-18 MX Clausura 2018 - M.15 | Fase Regular | Atlas | 1-0 | Querétaro | | Montaño Robles |
| 20-Jul-18 MX Apertura 2018 - M.1 | Fase Regular | Atlas | 0-0 | Querétaro | | Hérnandez Gómez |
| 05-Jan-19 MX Clausura 2019 - M.1 | Fase Regular | Querétaro | 1-2 | Atlas | | Macias Romo |
| 27-Sep-19 MX Apertura 2019 - M.12 | Fase Regular | Atlas | 2-0 | Querétaro | | Peñaloza |
| 24-Apr-20 MX Clausura 2020 - M.15 | Fase Regular | Querétaro | - | Atlas | | |
| 22-Aug-20 MX Apertura 2020 - M.6 | Fase Regular | Atlas | 1-0 | Querétaro | | Funk Villafañe |
| 17-Jan-21 MX Clausura 2021 - M.2 | Fase Regular | Querétaro | 1-0 | Atlas | | Ortíz Nava |
| 04-Nov-21 MX Apertura 2021 - M.17 | Fase Regular | Atlas | 2-0 | Querétaro | | Pacheco Larios |
| 05-Mar-22 MX Clausura 2022 - M.9 | Fase Regular | Querétaro | 0-1 | Atlas | | Guerrero Ramírez |
| 04-Aug-22 MX Apertura 2022 - M.7 | Fase Regular | Atlas | 3-1 | Querétaro | | Guerrero Ramírez |
| 22-Jan-23 MX Clausura 2023 - M.3 | Fase Regular | Querétaro | 3-3 | Atlas | | Macias Romo |
| 30-Aug-23 MX Apertura 2023 - M.5 | Fase Regular | Querétaro | 1-2 | Atlas | | Hérnandez Gómez |
| 31-Mar-24 MX Clausura 2024 - M.13 | Fase Regular | Atlas | 2-3 | Querétaro | | Ramos, Cesar |
| 20-Sep-24 MX Apertura 2024 - M.9 | Fase Regular | Atlas | 0-1 | Querétaro | | López Valle |
| 16-Apr-25 MX Clausura 2025 - M.16 | Fase Regular | Querétaro | - | Atlas | | |
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